En la fase de octavos de final, el 5 de abril, enfrentó en Medellín al Racing Club y ganó 2-0. En el juego de vuelta cayó por 1-2, aunque en el resultado global, Nacional se impuso por 3-2 y logró pasar de ronda. El 25 de julio de 1990 en Medellín, Nacional jugó contra el Club Universidad Nacional de México por la Copa Interamericana, allí ganó el verde 2-0. Siete días después en el partido de vuelta en la Ciudad Universitaria de México, Nacional volvió a triunfar, esta vez 4-1. En el resultado global, Nacional le ganó 6-1 a los Pumas de la UNAM. Ganaron los paraguayos por 2-0. El de vuelta se jugó en Bogotá, en el Estadio Nemesio Camacho El Campín, debido a que el Estadio Atanasio Girardot, de Medellín, en esa época no poseía la capacidad mínima (50.000) que pedía la CONMEBOL. El mismo año iba a participar en la Supercopa, pero fue forzado a renunciar por una sanción de la CONMEBOL tras un partido de la Copa Libertadores de ese año contra Vasco da Gama. ↑ Concedido al mejor equipo del mundo en ese año según la IFFHS.
También se confirmó el fichaje de Aparecido Donisette de Oliveira, «Sapuca» y la llegada del argentino José Luis Brown de Estudiantes de La Plata. En 2016 el equipo consiguió el segundo título de Copa Libertadores con jugadores claves como el venezolano Alejandro Guerra, el argentino Franco Armani, Alexis Henríquez, Macnelly Torres, Orlando Berrío, Farid Díaz, Daniel Bocanegra, Jonathan Copete, Víctor Ibarbo, Miguel Borja, Davinson Sánchez, Andrés Ibargüen, Marlos Moreno, equipacion ac milan 2024 Sebastián Pérez y Alexander Mejía. Nota: en negrita jugadores parte de la última convocatoria en sus respectivas selecciones. En 1987, la junta directiva consideró que Nacional podía volver a sus inicios y contratar solo a jugadores colombianos. En el inicio del profesionalismo Nacional no tuvo jugadores extranjeros, aunque era la época del Dorado en el fútbol colombiano y la política de puros criollos lo impedía. Es el clásico más parejo del fútbol profesional colombiano, hasta el 24 de octubre de 2021 se han enfrentado 267 veces para un saldo de 95 victorias verdes, 93 derrotas y 79 empates. En la obtención del primero título profesional del equipo se destacaron Humberto «Turrón» Álvarez, ac milan camiseta el primer gran ídolo de la hinchada. Al final quedó primero en el Apertura, seguido de América y Millonarios.
Copa Libertadores. En el Finalización quedó cuarto, siendo quinto en la reclasificación, lo que le dio para avanzar a los cuadrangulares semifinales, y luego en esta fase quedó primero en el grupo. Terminó tercero en el Finalización. En el Apertura quedó tercero con 33 puntos, detrás de América y Millonarios. En el Finalización, quedó en el cuarto lugar con 21 puntos, pero se clasificó a los cuadrangulares semifinales, allí quedó en el segundo lugar con 7 puntos, por lo que clasificó al cuadrangular final, donde le correspondió enfrentar a Deportes Tolima, América y Junior. El segundo partido contra Emelec, en Guayaquil terminó también 1-1. El tercer partido del grupo, contra Deportivo Quito en el estadio Atahualpa terminó también 1-1. El 7 de marzo, en Medellín cayó 0-2 ante Millonarios. Respecto al campeonato local, en el torneo Apertura las cosas no salieron muy bien, pero en el segundo semestre las cosas cambiaron radicalmente y el equipo clasificó al octogonal. En el torneo local no clasificó a los cuadrangulares, donde quedó doceavo en la tabla de posiciones. De igual manera, funcionan como expendio de entradas y abonos para los partidos que el equipo disputa en condición de local. En 1983 fue presentado el uruguayo Luis Cubilla como técnico.
El viernes 29 de mayo se informó sobre la llegada al equipo de Leonel Álvarez, Luis Carlos Perea y Gildardo Gómez. De igual manera se confirmó la llegada a la presidencia de Sergio Naranjo, en reemplazo de Alberto Builes Ortega. Real Santander: En 2018 bajo la presidencia de Botero hace otro convenio con los santandereanos. Fráncfort Leverkusen Werder Bremen La Liga Athlétic de Bilbao Atlético de Madrid C. A. Osasuna Cádiz CF Celta de Vigo Espanyol FC Barcelona Getafe Leganes Real Betis Real Madrid Ligue 1 AS Saint Étienne Borde Aux Marsella PSG Otras Ligas Atlas Atlético Nacional Benfica Boca Juniors Chicago Fire Chivas Rayadas Club América Club Necaxa Colo-Colo Corinthians Cruz Azul Cruzeiro Cuervos F.C. 4 de agosto. El Barcelona y el centrocampista argentino Gabriel Milito llegaron a un acuerdo de terminar su contrato después de cuatro años con el equipo. Además, como campeón de la Libertadores, tuvo el derecho de disputar la Recopa Sudamericana frente a Boca Juniors, campeón de la Supercopa de 1989; el marcador fue 1-0 a favor del equipo argentino. En el último encuentro que definía el título frente al América, un gol del delantero Pedro Juan Ibargüen y un penal que fue pitado a favor de Nacional en los últimos minutos, hicieron que el América se retirara del terreno de juego antes de terminar el partido, dando como campeón al conjunto Verde.